Ubicado en el interior del Alcázar de los Fernández Velasco.
Una puerta ojival da acceso al cuerpo central del Alcázar, lugar donde se ubica el área de recepción de visitantes. El resto de este espacio y la torre norte están destinados a exposiciones temporales.
El museo se distribuye en cuatro plantas, en las cuales, diferentes salas albergan tanto documentos, manuscritos, restos arqueológicos y enseres que muestran la verdadera historia de la Ciudad de Medina junto a la realidad de las Merindades, como cuna de Castilla.